虽然不知道为什么但是我可以解决这个bug，但它就是被解决了

最近在调试最新版gatk流程的时候，发现一个很有趣的问题，我使用gvcf模式的Variant Calling的代码如下：

bed=/home/jmzeng/annotation/CCDS/human/exon_probe.GRCh38.gene.150bp.bed
# ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/snp/organisms/human_9606/VCF/All_20180418.vcf.gz
bam=${sample}_recal.bam
$gatk  --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./"   HaplotypeCaller  \
        -ERC GVCF  -L $bed -R $GENOME -I $bam  --dbsnp $DBSNP -O  ${sample}_gatk.gvcf

是可以运行的，但是因为我的样本量比较大，几百个病人的肿瘤wes数据，需要提交到服务器，诡异的事情就发生了，同样的命令居然报错：

Error occurred during initialization of VM
Could not allocate metaspace: 1073741824 bytes

其次我怀疑是不是测试流程的服务器主节点的java和我提交的节点的java不一样，就which了一下，排除了这个原因。

那当然就得谷歌呀！关键词是：hpc Error occurred during initialization of VM gatk

有教程：https://github.com/marbl/canu/issues/1016 提到了 java的一些环境变量问题。可是我明明不记得自己修改过啊，而且服务器的运行节点和主节点不一致，那我很多其它任务也会受影响。

略微思考了一下，可能是 --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" 这个设置问题，删除之后，果然在运行节点和主节点都不会报错了。

关于gatk，我很多流程应该是都过期了

大家随意看看就好，做一个目录不容易啊！

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